サービス概要

次世代シーケンサーを用いて、ゲノム配列が未知の生物種（リファレンス配列の無い生物種）についてゲノムDNAのシーケンスを行い、取得した配列情報を用いて新規ゲノム構築（de novo アセンブル）を行います。ホールゲノムシーケンス(WGS)とも呼ばれます。

推定ゲノムサイズに応じて、取得するデータ量を調整します。
また、シーケンスを行うための装置やライブラリの調製法を検討することで、目的や状況に応じた対応が可能です。

アプリケーション例

PacBioシーケンスとショットガンシーケンスの2つの手法のご用意がございます。

PacBioシーケンスは、数十kb のロングリードの取得が可能なPacBioシーケンサーを利用することで、完全長ゲノムDNAの構築を目指す手法です。特長としては、コンティグ数が少なく、ギャップが生まれにくいことが挙げられます。

一方、従来のショットガンシーケンスでは、サンプルのゲノムサイズよっては安価に解析が可能です。目的やご要望に応じて、最適な仕様でご案内をします。

PacBio シーケンス（数十kb のロングリードシーケンス）

取得データ量の目安

【1 Cell Run】
　PacBio Revio（HiFi Read）　：60-90 Gb程度／Cell
　PacBio Sequel IIe（HiFi Read）　 ：20-30 Gb程度／Cell
　PacBio Sequel IIe（CLR Read）　：100 Gb程度／Cell

【相乗りプラン】
　PacBio Sequel IIe（HiFi Read, 100 Mb）：ゲノムサイズ 5 Mb未満のバクテリア向け
　PacBio Sequel IIe（HiFi Read, 200 Mb）：ゲノムサイズ10 Mb未満のバクテリア向け

　※取得データ量300 Mb, 400 Mb, 500 Mb, 1 Gb の相乗りプランもございます。

代表的な仕様

• PacBio HiFi Library
• シーケンス条件：PacBio Sequel lle, PacBio Revio, 1 Cell Run
• データ解析　　：de novo アセンブル, ギャップクロージング

ショットガン シーケンス（DNAシーケンス）

イルミナ社のショートリードのシーケンサー（NovaSeq X Plus）を用いて、低コストに大量のデータを取得します。ゲノム解析を進める際の基本となるデータになります。
取得データ量の目安は、推定ゲノムサイズの 20-30 倍程度になります。

代表的な仕様

• ライブラリ調製：TruSeq DNA PCR-Free もしくは TruSeq Nano DNA Kit
• シーケンス条件：NovaSeq X Plus, 150bp, paired end, 数十～数百 Gb /sample
• データ解析　　：de novo アセンブル、遺伝子予測・BLAST検索（アノテーション付加）

納期

シーケンスのみご依頼の場合：サンプル受領から約 4-6 週間
データ解析までご依頼の場合：サンプル受領から約 8 週間

サンプル受領のタイミングや取得したデータによっては、納期が前後する場合がありますので、ご了承ください。

ご依頼の流れ

フォームからのお問い合わせは、下記のお問い合わせボタンより、必要事項をご記載の上、送信ください。
メールでのお問い合わせは、bio@apro-s.com までご連絡ください。
お電話でのお問い合わせは、088-678-6372 までご連絡ください。

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